一是关于权利用尽原则。权利用尽是知识产权领域的一个重要原则，又称首次销售权利用尽原则。这个原则通常是指，含有知识产权的产品由知识产权权利人或经其许可的经营主体售出后，知识产权权利人对该批产品享有的权利即行用尽，不得干预购买者对该批产品的后续处理，如使用、许诺销售、销售、进口等。不同类型的知识，其权利用尽的情形会有不同。如专利法第七十五条规定，专利产品或者依照专利方法直接获得的产品，由专利权人或者经其许可的单位、个人售出后，使用、许诺销售、销售、进口该产品的，不视为侵犯专利权。权利用尽原则是平衡知识产权权利人与其他当事方利益的机制，既体现知识产权的专有性，又体现特定条件下专利产品的自由流通性。

为了适应日益活跃的农产品国际贸易，UPOV公约1991年文本第十六条规定了品种权权利用尽的情形：“受保护品种的材料或第十四条五款所指品种的材料，已由育种者本人或经其同意在有关缔约方领土内出售或在市场销售，或任何从所述材料派生的材料，育种者权利均不适用，除非这类活动涉及该品种的进一步繁殖，或涉及能使该品种繁殖的材料出口到一个不保护该品种所属植物属或种的国家，但出口材料用于最终消费的情况不在此例。”其含义是，经品种权人或经其许可的人同意生产的授权品种的材料（包括繁殖材料和收获材料）在首次进入商品流通领域后，品种权人对该批授权品种的材料享有的法律赋予的权利即行用尽。权利用尽原则的适用有两个前提条件：一是进入流通领域的是经品种权人许可生产的授权品种材料；二是对授权品种材料的使用不涉及“进一步繁殖”和“特定条件下出口”的行为。倘若被控授权品种材料未经品种权人许可生产，则为侵权材料，不适用权利用尽原则，品种权人在法律规定的诉讼时效内仍然可以主张权利。例如：品种权人A许可B公司繁殖销售15万公斤玉米种子，但B公司违反合同繁殖销售20万公斤玉米种子，对超出许可范围的5万公斤侵权玉米种子，品种权人A可以向B公司主张权利。又如，某土豆出口商将经品种权人许可生产的土豆出口，一部分出口到已经对土豆实施品种权保护的日本，属于合法行为，适用权利用尽原则；另一部分出口到尚未建立植物品种保护制度的缅甸，如果土豆直接用于最终消费，则适用权利用尽原则，如果未经品种权人许可用于种植，则构成侵权，不适用权利用尽原则，品种权人可以提起诉讼并要求赔偿。2021年最高人民法院颁布的《关于审理侵害植物新品种权纠纷案件具体应用法律问题的若干规定（二）》，对权利用尽原则做了规定。

二是关于合法来源抗辩。最高人民法院颁布的《关于审理侵害植物新品种权纠纷案件具体应用法律问题的若干规定（二）》，规定了当事人合法来源抗辩及适用条件：“销售不知道也不应当知道是未经品种权人许可而售出的被诉侵权品种繁殖材料，且举证证明具有合法来源的，人民法院可以不判令销售者承担赔偿责任，但应当判令其停止销售并承担权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。对于前款所称合法来源，销售者一般应当举证证明购货渠道合法、价格合理、存在实际的具体供货方、销售行为符合相关生产经营许可制度等。”这个规定，对于统一司法案件审理适用标准、体现权利平衡原则、保护正常合法交易是有积极意义的。对合法来源抗辩规则是否在新种子法中体现，存在认识上的分歧：一种意见认为，合法来源抗辩是植物新品种知识产权保护制度的重要组成部分，不入法，对非故意侵权主体有失公允，不利于保护正常的交易行为。另一种意见则认为，销售者对其所销售种子的品种、来源和授权情况等负有法定注意义务，规定合法来源抗辩将会减轻相关当事人的侵权责任，增加了品种权人的维权成本，削弱了品种权保护力度，且UPOV公约1978年文本、1991年文本均未规定该内容，不主张在新种子法中体现。鉴于此，新种子法对合法来源抗辩规则未作规定，留予司法实践继续探索。

三是关于权利例外情形。原种子法关于保护农民利益有两处规定：一是农民自繁自用授权品种的繁殖材料，可以不经植物新品种权所有人许可，不向其支付使用费，但不得侵犯植物新品种权所有人依照本法、有关法律、行政法规享有的其他权利。二是农民个人自繁自用的常规种子有剩余的，可以在当地集贸市场上出售、串换，不需要办理种子生产经营许可证。这两处规定中，前者属于权利例外情形，后者属于生产经营许可情形。如果农民大量销售远超出自用需要的种子，则属于种子生产经营行为，需要办理种子生产经营证。有意见认为，随着种植大户、家庭农场和农民专业合作社等新型经营主体发展，农村承包地流转和托管服务面积不断扩大，农民自繁自用难以准确界定，有些经营主体借农民自繁自用之名行经营性销售之实，侵犯了植物新品种权人的合法权益，为杜绝漏洞，建议删除上述规定。

新种子法对上述两处规定未作修改，主要考虑是：第一，我国是大国小农，家庭承包经营仍然是生产经营主体，保留农民对种子自繁自育自用的权利在一定时期是必要的，有些豆科类、无性繁殖类作物及部分常规种子，离不开农民的自繁自育；第二，农民自留种对于保存传统的农作物种质资源，保持农作物品种多样化，维护生物多样性仍具有重要作用；第三，农民是弱势群体，农业是弱质产业，国家不断提高对农业、农民的支持保护水平，在农民用种上给予倾斜，有利于农民降低生产成本，符合政策趋向；第四，最高人民法院颁布的《关于审理侵害植物新品种权纠纷案件具体应用法律问题的若干规定（二）》，对农民自繁自用行为已作出界定，农民在其家庭农村土地承包经营合同约定的土地范围内自繁自用授权品种的繁殖材料，不构成侵权。承包大户、家庭农场以及农民专业合作社等新型经营主体，不属于享有自繁自用权利的农民范围，防止滥用“农民权利”实施侵权行为。这样处理，既将法律赋予农民的权利保障到位，又避免其他经营主体假借农民权利侵犯品种权人的合法权益。